看見“五維”生命
綠色的是線粒體,紫色的是溶酶體,黃色的是微管。
線粒體順著線狀的微管輕快地移動(dòng),仿佛滑行在自己專屬的輕軌上。倘若不是熒光標(biāo)記鮮明地染出了每一種結(jié)構(gòu),你很容易忽略連接著它們的小小的溶酶體。這些不起眼的小家伙,才是招募微管為己所用的“大佬”,而大個(gè)頭的線粒體,不過是搭了個(gè)便車而已。
這是一個(gè)哺乳動(dòng)物細(xì)胞里的一幕。這個(gè)細(xì)胞貼在透明的小匣子壁上,被放置在掠入射結(jié)構(gòu)光照明顯微鏡(GI-SIM)下。
中科院生物物理研究所研究員李棟坐在漆黑的實(shí)驗(yàn)室里,通過電腦屏幕,看著這個(gè)微小世界里熙熙攘攘的場景。他知道,這一場景前所未見。
看,生命!
多年來,李棟帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)開發(fā)出多模態(tài)結(jié)構(gòu)光超分辨顯微鏡、深度學(xué)習(xí)超分辨成像算法以及三維高時(shí)空分辨生物力顯微鏡等技術(shù)方法,通過與其他生物學(xué)家合作,不斷地展示著生命隱秘角落里的奇觀異景。
李棟本科就讀于浙江大學(xué)光學(xué)工程專業(yè),入學(xué)第一課,就是欣賞本系前輩們用自己研制的高速攝像機(jī)拍下的中國第一顆原子彈爆炸場面。
光學(xué)研究是一門“看見”的學(xué)問,它致力于拓展人類視野的極限:看見曾經(jīng)看不見的,看清過去看不清的,留住轉(zhuǎn)瞬即逝的影像,為沒有生命的機(jī)器裝上眼睛……
對光學(xué)研究者來說,一個(gè)影響一生的重要抉擇就是:我要幫助這個(gè)世界看見什么?
李棟在香港科技大學(xué)攻讀博士時(shí),接觸到了“生物光子學(xué)”這個(gè)交叉學(xué)科。博士畢業(yè)后,他遠(yuǎn)赴美國,在生命科學(xué)界赫赫有名的霍華德·休斯醫(yī)學(xué)研究所做博士后,導(dǎo)師是后來憑借超分辨率熒光顯微鏡摘得諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)的Eric Betzig。
在Betzig實(shí)驗(yàn)室,李棟取得了第一個(gè)重磅科研突破:成功開發(fā)高數(shù)值孔徑非線性結(jié)構(gòu)光照明顯微鏡,把活細(xì)胞高速成像的光學(xué)分辨率提高到了60納米。這一成果登上了2015年《科學(xué)》雜志封面。
這項(xiàng)技術(shù)讓科學(xué)家們有機(jī)會(huì)在活著的細(xì)胞中,清晰地看到生命活動(dòng)的精細(xì)動(dòng)態(tài)。《自然—方法學(xué)》評論道:“這是最終實(shí)現(xiàn)分子水平分辨率下觀測生命過程的重要一步!”
在香港科技大學(xué)畢業(yè)的校友中,李棟的選擇顯得很小眾:“我的朋友們有不少去做無人機(jī)了,很多人甚至沒有聽說過霍華德·休斯醫(yī)學(xué)研究所。”但他對這個(gè)選擇很篤定:“我逐漸意識到,生命科學(xué)是各個(gè)學(xué)科的一個(gè)交匯點(diǎn),是一個(gè)蘊(yùn)含著無限可能的大舞臺?!?/p>
與“限制”共舞
剛開始做生物光學(xué)成像研究時(shí),李棟常常困惑于一個(gè)問題:觀測到的東西,并不是生物學(xué)家最需要的東西。很多時(shí)候,并不是越清晰,就越有價(jià)值。
細(xì)胞結(jié)構(gòu)是三維的,但要觀測生命體的動(dòng)態(tài)變化,還需要拓展到“五維”——在x、y、z(空間維度)之外,增加時(shí)間維度和顏色維度。如果沒有顏色維度,線粒體、溶酶體、微管等細(xì)胞器就無法鮮明地區(qū)分開來;如果沒有時(shí)間維度,就無法捕捉到它們瞬息萬變的活動(dòng)。
“但這五個(gè)維度之間的關(guān)系是‘相生相克’的。”李棟說,“不可能每個(gè)維度的指標(biāo)性能都高,在保障時(shí)間分辨率和顏色分辨率的同時(shí),勢必要犧牲一部分空間分辨率。”
這是一種平衡和妥協(xié)的藝術(shù)——要想觀測到色彩繽紛的動(dòng)態(tài)畫面,就不得不讓渡一些成像速度。怎樣以盡可能小的代價(jià),獲得最好的綜合效果,是李棟團(tuán)隊(duì)始終追求的目標(biāo)。
像這樣的客觀規(guī)律限制,在研究中簡直無處不在。
電子顯微鏡的局限,在于無法觀測動(dòng)態(tài)活體的對象。而當(dāng)李棟把目光轉(zhuǎn)向光學(xué)顯微鏡時(shí),又遇到了難以突破的“阿貝極限”。
光學(xué)顯微鏡分辨率的極限,大約是可見光波長的一半。以可見光中波長最短的藍(lán)紫光來計(jì)算,就是波長400納米的一半——200納米。這個(gè)分辨率,遠(yuǎn)不足以看清動(dòng)輒幾納米,幾十納米的生物大分子。
最終,李棟從高中時(shí)候?qū)W過的公式中找到了靈感:兩個(gè)正弦函數(shù)相乘,波函數(shù)的頻率會(huì)增加。放在實(shí)踐中,就是給出兩個(gè)不同顏色的光源,讓它們的波峰與波峰互相疊加,從而突破原有的極限,大大提高分辨率。
“阿貝極限依然存在,現(xiàn)有技術(shù)方法只能繞開它。”李棟微笑道。面對自然的規(guī)律和現(xiàn)實(shí)的缺陷,“繞”是一種不可或缺的智慧。在另一項(xiàng)研究中,李棟把在低信噪比拍攝條件下獲得的圖像,與高信噪比的圖像進(jìn)行了一一關(guān)聯(lián),通過讓機(jī)器學(xué)習(xí)這種映射,就能從不理想的圖像中轉(zhuǎn)化出相對理想的結(jié)果。
兩點(diǎn)之間,有時(shí)曲線最短。
是極致也是開始
李棟說,他利用的這些原理都并不是很難想到。真正的難點(diǎn),在于如何完美地做到。
“11年了,我們開發(fā)、打磨的這套顯微鏡系統(tǒng),能把這么多的照明模塊集成在一起,每個(gè)模塊都能達(dá)到最優(yōu)指標(biāo),并且不損害其他模塊的成像性能,這在世界上可能是獨(dú)一份?!闭勍乱幌蚩酥频睦顥潱f到這里,第一次流露出幾分自豪。
在李棟的實(shí)驗(yàn)室里,你會(huì)看到完全不同于想象的“顯微鏡”。不是裝配完整、光潔體面的成品,而是大量光學(xué)元件組成的環(huán)環(huán)相扣、千回百轉(zhuǎn)的復(fù)雜鏈路。就像攤開的“五臟六腑”,乍一看讓人眼暈。
每一個(gè)元件的位置、角度、高低,都經(jīng)過了精心的調(diào)試,牽一發(fā)而動(dòng)全身。不能錯(cuò),一旦失之毫厘,就會(huì)謬以千里。
“每個(gè)光學(xué)元件都不是完美的,它存在一定的所謂‘像差’。訣竅不在于把每個(gè)環(huán)節(jié)的精度都通過復(fù)雜設(shè)計(jì)做到最優(yōu),而在于各個(gè)環(huán)節(jié)之間的誤差能夠互相抵消、互相補(bǔ)償。”李棟說。
十年磨一劍而打造出的無比繁復(fù)精巧的顯微成像系統(tǒng),迎來各個(gè)機(jī)構(gòu)、不同專業(yè)背景的合作者和研究生,迎來一撥又一撥滿懷好奇、雄心勃勃的探索者。
但李棟很清醒,他知道這些成果只是為我國高端光學(xué)顯微成像設(shè)備領(lǐng)域的“短板”和“卡脖子”問題提供潛在的技術(shù)貯備和支撐?!拔覀兊囊磺泄ぷ?,都有待在生物學(xué)研究中檢驗(yàn),有待市場規(guī)律的驗(yàn)證。我們真正的價(jià)值,終究要體現(xiàn)在助力生物學(xué)家取得前沿科學(xué)成果上?!?/p>
人類從開始利用熒光,到第一次把熒光蛋白融合進(jìn)生命體的蛋白質(zhì)中,再到把熒光廣泛應(yīng)用在生命科學(xué)研究和顯微技術(shù)中,用去了八九十年的光陰。
科研創(chuàng)新的路,就是這樣漫漫而修遠(yuǎn)。以攀登珠峰做比方,李棟認(rèn)為自己只是剛剛出發(fā),“可能還沒有到達(dá)大本營,也許連大本營在哪里都有待探索”。
“但科研不同于登珠峰的是,我們沒有已經(jīng)形成的成熟線路,唯有通過自己摸索,去探明每一塊巖石、每一道溝澗,去追尋更為理想的顯微成像工具,去發(fā)現(xiàn)更加驚人的生命秘境?!彼f。
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