金瓶掣簽制度制定以后，從1793年開始，就分別在雍和宮和拉薩用金瓶掣簽的辦法確定呼圖克圖的轉(zhuǎn)世。對達賴喇嘛和班禪額爾德尼兩大活佛轉(zhuǎn)世系統(tǒng)，清朝也堅持實行金瓶掣簽的制度，不過也有免于掣簽的特例。1795年，乾隆皇帝退位作了太上皇。乾隆帝退位后，接受了出家戒和比丘戒，派人專程給西藏送來他自己穿著僧裝的畫像。1798年，八世達賴喇嘛在布達拉宮三界殊勝寢殿內(nèi)特設(shè)殿堂供奉乾隆皇帝的肖像?！栋耸肋_賴喇嘛傳》記載說：“文殊大皇帝為了西藏人民的幸福，賞賜他自己的比丘持金剛裝束的肖像，作為漢藏人民敬拜的對象。達賴喇嘛決定修建精舍供養(yǎng)。他指示：‘大皇帝乃諸佛之嚴父，至尊文殊菩薩化現(xiàn)的人主，為天神等眾生的供拜對象。大皇帝慈愛雪域眾生，護佑黃教。仰仗大皇帝之慈恩，宏揚宗喀巴大師之圣教，我等需圓滿地供養(yǎng)圣像’。該精舍由噶倫夏扎巴和孜強佐格桑曲扎負責修建。精舍建在三界殊勝殿的中央，頂部用楊木制成，金質(zhì)屋脊寶瓶，裝飾極為華麗，純金座，以窗欞隔斷，內(nèi)掛錦緞圍幔，圣像前擺放著各種供品。像前方的階梯上供放著金器、銀器和羊脂玉、水晶石制成的各種器具，富麗堂皇。殿內(nèi)陳放五種供品”。在七世達賴喇嘛時期，康熙皇帝的牌位也供在此殿中。由于金瓶掣簽是乾隆皇帝全力主張制定的，所以在清代決定達賴喇嘛和班禪額爾德尼轉(zhuǎn)世靈童的幾次重要的金瓶掣簽，都是在這里的乾隆皇帝畫像和康熙皇帝的萬歲牌位前舉行的。

　　嘉慶九年(1804年)十月二十日八世達賴喇嘛圓寂，首次出現(xiàn)以金瓶掣簽決定達賴喇嘛的轉(zhuǎn)世問題。三年以后，攝政濟嚨呼圖克圖向駐藏大臣玉寧、文弼報告，在各地所報的靈異幼童中，以德格地方出生的春科土司的兒子最為靈異，全藏僧俗一致信服，認為是五世達賴喇嘛的再生，請求免于掣簽認定為達賴喇嘛的轉(zhuǎn)世。玉寧、文弼接報后與七世班禪、濟嚨呼圖克圖、第穆呼圖克圖及噶倫、代本等官員前往蔡公堂寺驗看，數(shù)萬僧俗向駐藏大臣一致懇請，并由僧俗官員集會寫出稟帖，于是玉寧、文弼向嘉慶皇帝奏報驗看靈童情形，并轉(zhuǎn)奏七世班禪、濟嚨呼圖克圖領(lǐng)銜的請求將德格出生的靈童免于掣簽作為達賴喇嘛的呼畢勒罕的奏折。此時嘉慶皇帝考慮不周，作為特例批準了駐藏大臣轉(zhuǎn)奏西藏僧俗的請求，于是九世達賴喇嘛未經(jīng)掣簽得到認定，并在嘉慶十三年九月二十二日在布達拉宮坐床。第二天，為感謝皇帝特準免于掣簽之恩，達賴喇嘛及攝政、經(jīng)師、各大呼圖克圖等在布達拉宮薩松南杰殿供奉的乾隆皇帝御像和“當今皇帝萬歲”牌前陳列供品，誦經(jīng)祈愿大皇帝萬壽無疆。

　　但是九世達賴喇嘛只活了十歲就在嘉慶二十年(1815年)圓寂了，到嘉慶二十四年二月駐藏大臣玉麟、珂實克奏稱，攝政第穆呼圖克圖等說理塘出生的靈異幼童十分聰慧福相，應(yīng)驗卜兆，而且各處再也查不出可作呼畢勒罕之人，請求將理塘出生的靈童免于掣簽作為達賴喇嘛的呼畢勒罕。但是這一次嘉慶皇帝不再允許免于掣簽，并對玉麟、珂實克嚴加申斥。命令除理塘出生的幼童之外，必須再找到兩名靈異幼童，方可將三名靈異幼童寫簽入瓶，遵照定制，對眾誦經(jīng)，舉行金瓶掣簽。嘉慶皇帝還特別規(guī)定，掣簽時兩名駐藏大臣一人封簽，一人掣簽，不讓喇嘛僧人們經(jīng)手，“其掣出者方系達賴喇嘛真呼畢勒罕，必能住世長久，為眾信奉?！卑凑占螒c皇帝的旨意，攝政二世策墨林活佛(此時原攝政第穆呼圖克圖已圓寂)派人分頭到前后藏、工布、昌都等地尋訪，又找到昌都出生的兩名靈異幼童上報。而此時嘉慶皇帝已去世，其子道光皇帝繼位。在道光元年(1821年)九月，道光皇帝才批準以理塘、昌都出生的三名幼童入瓶掣簽。次年正月初七，將金本巴瓶從大昭寺迎請到布達拉宮的薩松南杰殿，由七世班禪率領(lǐng)僧眾誦經(jīng)供養(yǎng)九天，到正月十五舉行了確定達賴喇嘛轉(zhuǎn)世的首次金瓶掣簽。藏文《十世達賴喇嘛傳》記載當時的情形說：“水馬年正月十五日，當太陽出山之時，班禪大師從羅布林卡前往布達拉宮，僧俗官員等一起到皇帝圣容前就座，不久兩位駐藏大臣亦到達，當漢藏官員、喇嘛會齊后，由滿文文書將三位靈童的名字用滿文書寫到三個名簽上，然后由藏文文書在三個名簽的另一面上用藏文書寫三位靈童各自的名字，并共同看驗核對無誤。然后由靈(海)安班對金本巴瓶磕頭致禮三遍，再將三個名簽放入金本巴瓶中。然后誦經(jīng)師等一起念誦祈請三寶慈悲護佑的真言，做三次猛力祈禱。然后由文(干)安班向金本巴瓶跪拜三次，將裝有三支名簽的金本巴瓶搖動，然后掣出確定轉(zhuǎn)世靈童名字的一支名簽，看視后高聲宣布是理塘出生的幼童，并將名簽交給班禪額爾德尼、策墨林諾門罕和靈(海)安班等在場的漢藏官員、喇嘛、貴族、僧俗人士看視，然后將名簽插到放在金本巴瓶上首的盛滿青稞的切瑪中。由于金瓶掣簽的結(jié)果與大眾的愿望相符，真實無欺地完成了掣簽認定，所以眾人都極為歡樂和崇信。”這次金瓶掣簽掣出的轉(zhuǎn)世靈童即是十世達賴喇嘛楚臣嘉措，他于當年八月在布達拉宮坐床。

　　道光十七年十世達賴喇嘛圓寂，道光二十年(1840年)年底駐藏大臣奏報攝政策墨林諾門罕報稱找到四名靈異兒童，經(jīng)駐藏大臣和攝政等看驗，均有靈異，請求以此四名幼童入瓶掣簽。經(jīng)道光皇帝批準后，次年五月在布達拉宮舉行了金瓶掣簽。

　　咸豐三年(1853年)七世班禪圓寂，咸豐五年(1855年)十一世達賴喇嘛圓寂，這樣就出現(xiàn)了西藏歷史上少見的差不多同時尋訪認定達賴喇嘛和班禪大師轉(zhuǎn)世的情形。咸豐六年(1856年)駐藏大臣赫特賀奏報，據(jù)扎什倫布寺索本堪布扎薩克喇嘛報告，在前藏霞克巴地方和后藏托卜加地方各找到靈異幼童一名，經(jīng)過駐藏大臣和攝政等看驗，認為俱有靈異，請求以此入瓶掣簽認定。經(jīng)咸豐皇帝批準后，將兩名靈異幼童接到拉薩，于當年十一月二十三日在布達拉宮薩松南杰殿的皇帝玉容和牌位前，由攝政熱振活佛和扎什倫布寺索本堪布等率領(lǐng)僧眾誦經(jīng)祈禱，由駐藏大臣滿慶和赫特賀主持，舉行金瓶掣簽，掣出后藏出生的靈異幼童為七世班禪的轉(zhuǎn)世，此即八世班禪丹貝旺秋。掣簽結(jié)果經(jīng)咸豐皇帝批準后，咸豐十年(1860年)十月，由駐藏大臣恩慶主持，八世班禪在扎什倫布寺舉行坐床典禮。這是首次以金瓶掣簽確定班禪額爾德尼的轉(zhuǎn)世。

　　差不多與此同時，咸豐七年(1857年)攝政熱振活佛向駐藏大臣報告，關(guān)于十一世達賴喇嘛的轉(zhuǎn)世，已找到在桑日、沃喀、達布出生的三名靈異幼童，經(jīng)駐藏大臣和攝政等人看驗后，向咸豐皇帝做了奏報。得到皇帝批準后，次年正月在布達拉宮薩松南杰殿由駐藏大臣和攝政熱振活佛等舉行金瓶掣簽，掣出沃喀出生的靈童為十一世達賴喇嘛的轉(zhuǎn)世，經(jīng)咸豐皇帝批準后，于咸豐十年(1860年)七月在布達拉宮坐床，此即十二世達賴喇嘛赤列嘉措。

　　光緒元年(1875年)十二世達賴喇嘛圓寂。兩年后攝政濟嚨呼圖克圖向駐藏大臣松桂稟告，經(jīng)過請班禪大師等人占卜授記，護法降神，明示靈童出生在東方或者東南方，從各地所報的靈異兒童中經(jīng)班禪大師等考察，認為在達布朗敦村出生的幼童征兆殊異，舉止非凡，為眾人所矚望，故祈請駐藏大臣轉(zhuǎn)奏皇上恩準免于掣簽，予以認定。此后在攝政的帶動下，又由西藏各大呼圖克圖、噶倫及代本等官員、三大寺各扎倉堪布等僧俗大眾集會，寫成公稟，眾人蓋印畫押，呈遞駐藏大臣，懇請向皇上奏請免于掣簽。于是駐藏大臣松桂向光緒皇帝奏請，經(jīng)過皇帝批準，將在達布朗敦村出生的靈童免于金瓶掣簽，認定為達賴喇嘛的呼畢勒罕，此即十三世達賴喇嘛圖丹嘉措。

　　光緒七年(1882年)八世班禪圓寂。扎什倫布寺請十三世達賴喇嘛打卦占卜，請護法降神授記，經(jīng)過將近五年的尋訪，到光緒十三年(1887年)時，總管扎什倫布寺事務(wù)的扎薩克喇嘛諾門罕羅布藏頓珠向駐藏大臣文碩報告，經(jīng)過仔細尋訪和考察，找到在后藏托卜加、前藏達布、墨竹工卡地方出生的靈異幼童三名。文碩對幾世班禪大師都出生于托卜加稍有疑問，指示攝政和羅布藏頓珠對托卜加出生的幼童再加考察，他們以該幼童確有靈異回復(fù)。結(jié)果文碩即以此奏報，經(jīng)過光緒皇帝批準后，光緒十四年正月十五日在布達拉宮的薩松南杰殿舉行了金瓶掣簽儀式。而這一天正是英國侵略軍在隆吐山向西藏軍民發(fā)起猛烈進攻、西藏人民第一次抗英戰(zhàn)爭爆發(fā)的日子。這次金瓶掣簽有十三世達賴喇嘛參加，由攝政第穆呼圖克圖、甘丹赤巴、扎什倫布寺扎薩克喇嘛等人誦經(jīng)祈禱，因當時駐藏大臣只有文碩一人，故由文碩封簽、掣簽，結(jié)果掣出的是達布地方出生的幼童，此即九世班禪大師曲吉尼瑪。經(jīng)文碩將金瓶掣簽的結(jié)果奏報并得到光緒皇帝批準后，光緒十八年(1892年)正月，九世班禪大師在扎什倫布寺坐床。

　　自乾隆皇帝制定金瓶掣簽制度以后，直到辛亥革命的一百多年中，據(jù)理藩院不完全記載，僅在西藏地區(qū)就有近四十個主要活佛轉(zhuǎn)世系統(tǒng)(含達賴喇嘛和班禪額爾德尼兩大活佛轉(zhuǎn)世系統(tǒng))的轉(zhuǎn)世靈童舉行過金瓶掣簽，舉行金瓶掣簽的次數(shù)有七十多次。這些轉(zhuǎn)世靈童的認定涉及到格魯派、寧瑪派和噶瑪噶舉派的幾個主要的支派。